První písemná zmínka o sídle v podhradí tehdejšího královského hradu Froburg pochází z roku 1378. Tento hrad byl od počátků nazýván také česky Hluboká, nejspíš díky tehdejším hlubokým lesům v okolí.
Městečko pod hradem neslo po celá staletí jméno Podhradí, tento název byl úředně změněn na Hluboká až v roce 1885, roku 1924 byl rozšířen do dnešní podoby o slova nad Vltavou. Městem je pak Hluboká nad Vltavou od 1907.
Dnes láká bezmála pětitisicové městečko, které se rozkládá po obou březích řeky Vltavy, své návštěvníky novogotickým zámkem Hluboká, zoologickou zahradou a loveckým muzeem Ohrada, golfovým hřištěm nebo Alšovou jihočeskou galerií.