Kaple svatého Ducha u Slavonic je prvně připomínána v písemných pramenech z let 1280 až 1296. V roce 1423 byla zničena husitskými vojsky, roku 1437 pak byla znovu obnovena.
Na konci 15. století byla kaple nahrazena dvojlodním kostelem. V roce 1589 dostali kostel do užívání protestanté, protože měli zakázány bohoslužby ve městě. Katolíkům se kostel vrátil po roce 1620.
Po skončení třicetileté války byla ke kostelu přistavěna severní boční loď, roku 1820 pak byla k jižnímu boku dvojlodí přistavěna loretánská kaple, kam se přemístila mariánská soška ze zrušené Lorety ve Vratěníně.
Poslední rekonstrukce kostela proběhla na přelomu 20. a 30. let 20. století, od konce druhé světové války pak chátrá.
Ze Slavonic vedla ke kostelu křížová cesta, zachovalo se z ní několik výklenkových kapliček.