První písemná zmínka o Suchdole nad Lužnicí pochází z roku 1362.
V 17. a 18. století zde byla tavírna stříbrné rudy, ze které se koncem 18. století stala sklářská huť. Tato huť počátkem 20. století zanikla. Okolí Suchdola bývalo známé těžbou rašeliny.
Nejvýznamnější památkou Suchdola nad Lužnicí je gotický farní kostel svatého Mikuláše ze 14. století.
Dnes žije v tomto městě na řece Lužnici asi 3600 obyvatel.