Historie města se začíná psát v polovině 12. století, kdy zde byl vybudován dvorec a poté i osada v jeho sousedství. Dvorec byl nejprve v držení Vítkovců, od roku 1366 pak přešel pod záštitu bratrů z Rožmberka.
Statut města Třeboň získala již v roce 1341, na konci 14. století pak bylo město opevněno hradbami a příkopem, město se tak stalo nedobytnou pevností a odolalo i při husitských válkách.
Od roku 1660 až do konce první světové války bylo třeboňské panství majetkem rodu Schwarzenbergů, na nějž má dodnes Třeboň řadu památek.
V Třeboni má sídlo pivovar Regent, který byl založen v roce 1379 a je tak jedním z nejstarších na světě, na zdejším zámku sídlí oblastní archiv s působností pro celé jižní Čechy. Třeboň je také vyhlášeným lázeňským střediskem.
V současnosti zde žije kolem 9000 obyvatel, centrum města je vyhlášeno městskou památkovou rezervací a zdejší krajina je chráněna jako Biosférické rezervace Unesco.