Na místě dnešního zámku v Jindřichově Hradci stával gotický hrad s trojúhelníkovým půdorysem a třemi věžemi v nárožích. Tento hrad byl založen počátkem 13. století, v jeho třetí čtvrtině k němu pak byl přistavěn hradní palác s kaplí. Na přelomu 15. a 16. století byl hrad rozšířen ve stylu pozdní gotiky, dostavěno bylo i opevnění.
Přestavba hradu na renesanční zámek byla započata ve druhé polovině 16. století a dokončena byla v roce 1597. Barokně upravován byl zámek na začátku 18. století. Po požáru v roce 1773 zůstal částečně v rozvalinách a obnoven byl až na začátku 20. století.
V průběhu historie byli majiteli zámku postupně páni z Hradce, Slavatové a Černínové. Stavba na jihozápadním okraji historického jádra Jindřichova Hradce na skalním ostrohu chráněném řekou Nežárkou a rybníkem Vajgarem patří k nejnavštěvovanějším na jihu Čech.