Černé jezero leží na severovýchodním svahu Jezerní hory, která je nejvyšším vrcholem Železnorudské hornatiny. Vzniklo po ústupu doby ledové, kdy po zdejším ledovci zbyla pánev zvaná kar a ta byla následně zaplněna vodou. Voda odtud odtéká Černým potokem a řekou Úhlavou do Severního moře.
Černé jezero je se svou rozlohou 18,4 hektarů největším šumavským jezerem, jeho průměrná hloubka je 15,6 m.