Čertovo jezero leží na jihovýchodním svahu Jezerní hory nedaleko Železné Rudy. Vzniklo zaplavením karu po ledovci z doby ledové. Voda z Čertova jezera, které je svou rozlohou 10,3 ha druhé největší na Šumavě, odtéká Řezným potokem a řekou Řeznou do Černého moře.
Čertovo jezero leží v nadmořské výšce 1030 m a jeho průměrná hloubka je 17,9 m.