Poprvé se o Podmoklech dozvídáme ve zmínce z roku 1045, kdy český kníže Břetislav I. daroval osm poddaných ve vsi Podmoklech Břevnovskému klášteru. V roce 1256 klášter s králem Přemyslem II. Otakarem vyměnil Podmokly za ves Kuromrtvice. Následně se majitelé Podmokel poměrně často střídali, ve druhé polovině XVII. století se stal jejich majitelem Karel hrabě Michna z Vacínova, který zde nechal roku 1707 postavit zámek. Ve druhé polovině 18. století připadly Podmokly Marii Anně, kněžně z Fürstenberka.
Do historie Podmokel se dvakrát zapsala archeologie, poprvé tomu bylo v roce 1771, kdy zde byl nalezen poklad keltských mincí, který vzbudil rozruch v celé Evropě. Do Podmokel také zajížděl věhlasný francouzský geolog J. Barrande, který prozkoumal naleziště trilobitů u podmokelského mlýna.
V současnosti žije v Podmoklech asi 270 obyvatel.