Okolí dnešních Klobuk bylo osídleno již od starší doby bronzové, dále pak v mladší době kamenné, době železné a osidlili jej i Slované. Dokládají to archeologické nálezy z okolí, kde byla nalezena volutová, únětická a laténská keramika, nebo také hroby s výbavou z doby keltské: bronzové náramky a zbraně.
První písemná zmínka o obci pochází z roku 1226, slovo klobuk či klobouk byl ve staré češtině výraz pro vysoký, špičatý vrch nebo jiný výškový objekt. V místech současného domu č.p.1 stávala tvrz. V druhé polovině 19.století byl v Klobukách založen cukrovar a to jako akciová společnost místních podílníků.
Není bez zajímavosti, že v letech 1899 - 1909 byl zdejším farářem spisovatel Jindřich Šimon Baar, který se zasloužil o výstavbu zdejší fary.
V současnosti žije v Klobukách asi 1000 obyvatel.